Los antiguos tratados hablan de siete chakras principales, situados a lo largo de la columna vertebral, o, más exactamente en un nadi central a lo largo del raquis y hasta la mollera o vértex, llamada abadhuti, por donde asciende la serpiente llamada kundalini o śakti, hasta encontrarse con el Brahman (en el chakra superior), de gran importancia en el tantra:
Sahasrara o Chakra Corona o Coronario es el chakra del sentido, el chakra maestro que controla a los demás. Su rol sería parecido al de la glándula pituitaria, que segrega hormonas para controlar el resto del sistema endocrinológico, y que también se conecta con el sistema nervioso central a través del hipotálamo. Simbolizado por un loto con mil pétalos, de color blanco o violeta, se localiza en la cabeza, fuera del cuerpo. Su piedra es el cuarzo transparente.
Ajna o Chakra Tercer Ojo o Frontal se relaciona con la glándula pineal. Ajna es el chakra del tiempo, la percepción y luz. La glándula pineal es una glándula sensitiva, que produce la hormona melatonina, que regula los mecanismos del sueño. Simbolizado por un loto con dos pétalos, de color índigo.
Vishudda o Chakra Garganta o Faríngeo se relaciona con la comunicación y el crecimiento; siendo el crecimiento una forma de expresión. Este chakra se paralela con la glándula tiroides, una glándula en la garganta, que produce distintas hormonas, responsables del crecimiento y el desarrollo. Simbolizado por un loto con dieciséis pétalos, de color azul.
Anahata o Chakra Corazón o Cardíaco se relaciona con emoción, compasión, amor, equilibrio y bienestar. Se relaciona con la glándula timo, que además de ser parte del sistema endocrino es parte del sistema inmunológico, responsable de defender el cuerpo ante agentes patógenos, es decir que causan enfermedades, y stress. Simbolizado por un loto de doce pétalos, de color verde..
Manipura o Chakra plexo solar o Umbilical se relaciona con energía, asimilación y digestión, y corresponde a los roles de las glándulas adrenales externas o páncreas. Simbolizado por un loto de diez pétalos, de color amarillo.
Svadhishthana o Chakra Sacro o Esplénico se relaciona con la sexualidad y la creatividad. Se relaciona con los testículos o los ovarios, ya que estos crean las hormonas involucradas en la reproducción y pueden causar dramáticos cambios de ánimo. Simbolizado por un loto de seis pétalos, de color naranja.
Muladhara o Chakra Raíz o Fundamental se relaciona con el instinto, seguridad, supervivencia y al potencial básico humano. Se localiza en el periné (la región entre los genitales y el ano). Aunque no hay una glándula endocrina aquí, se relaciona con las glándulas adrenales internas, la médula adrenal. En esta región se localiza el músculo pubococcígeno que causa la eyaculación en el acto sexual. Simbolizado por un loto de cuatro pétalos, de color rojo.
Cada chakra es un vórtice de energía en miniatura, girando en el sentido contrario de las agujas del reloj. Cada chakra tiene dos extremos conectados, uno para la parte frontal del cuerpo y otro para la espalda. Dependiendo de la salud de la persona y su evolución,la fuerza con la que "brillan", su apertura y la velocidad de su giro serán de diferentes maneras. Cuanto más evolucionada esté la persona, más abiertos estarán sus chakras y más armoniosos serán su giro y brillo. A medida que se crece se van abriendo de abajo a arriba.
Cuando hay momentos de fuerte intensidad emocional, el chakra relacionado con la situación aumenta su actividad respondiendo con sensaciones de hormingueo, zumbido, a veces incluso dolor. Podría decirse que son vórtices de energía localizados en el cuerpo asociados a funciones tanto biológicas como mentales y emocionales, que nos permiten interactuar con la energía del entorno y la energía emocional tanto de los otros como con la nuestra propia.
Los colores con los que se representan los chakras estén ordenados de la misma manera que los que abarca la percepción humana. Cabría preguntarse si la correspondencia entre la energía electromagnética que percibimos como colores, y los diferentes chakras, podría implicar una relación entre las diferentes energías representadas por ellos y sus efectos sobre el cuerpo humano. El chakra muladhara representado con el color rojo, está asociado a los mismos conceptos con los que se asocia el color en areas tan dispares como la decoración de interiores y el esoterismo. Podría postularse una asociación intuitiva entre los efectos de la energía que desprende ese color y cómo la procesa nuestro cuerpo, en base a un centro de energía que responde a ella a nivel muy sutil.